Le texte qui suit a été publié dans Bordeaux Port (mensuel du Port autonome de Bordeaux) n°37, octobre 2005. Il délimite les compétences entre le Port et la CUB et annonce un budget.

PROTOCOLE EN VUE AUX BASSINS A FLOT
La maîtrise des ponts
La Communauté urbaine et Bordeaux et le Port de Bordeaux s’accordent sur de nouvelles dispositions concernant le franchissement des écluses.
Il s'agit de reconstruire le pont aval (le plus proche du fleuve) pour créer deux voies de tramway sur un pont tournant neuf et de rénover le pont amont afin de l'adapter au passage d'une voie de tramway. Enfin, le pont du Pertuis devrait être reconstruit.
Le protocole engageant la CUB et le port précisera les participations financières et les responsabilités de chacune des parties. La Communauté urbaine assurera la maîtrise d'ouvrage des travaux des ponts à l'exception du pont du Pertuis, dont la reconstruction sera assurée par le Port. Cependant, un diagnostic de cet ouvrage doit être réalisé par la CUB. Il s'agira de vérifier si ce pont nécessite une totale reconstruction ou peut être rénové.
Au préalable, la gestion des ponts sera transférée à la CUB, laquelle a vocation à entretenir les ouvrages dédiés à la circulation routière et au tramway. Le PAB restera gestionnaire pendant dix ans du pont du Pertuis. A cette échéance, l'ouvrage sera transféré à la Collectivité mais le Port restera responsable des manœuvres et de l'entretien courant des trois ponts.
L'enveloppe financière estimée à 5,5 M€ sera alimentée par une participation du Port et de l'Etat à hauteur de 1M€. La CUB injectera, pour sa part, 2,47 M€. Le complément sera sollicité auprès du Conseil général et de l'Europe.